Pythonを使って、Windowsで作成されたShift-JISファイルを開く場合、指定するエンコードは cp932 を指定します。 open関数の encoding 引数に指定してファイルを開きます。
似ている名前で shift_jis もありますが、こちらでは開く際にエラー「codec can't decode byte」が発生します。 理由は、Windows で使われている cp932 は shift_jis をベースに作られていて、Windows用に文字（外字）を追加して、shift_jis と cp932 で文字種類数が異なるからです。
組み込み関数のopen()を使ってエンコードを指定するには、以下のようにencoding引数を使います。
with open('in.txt', 'r', encoding='cp932', newline='\n') as f:
text = f.read()
with open('out.txt', 'w', encoding='cp932', newline='\n') as f:
f.write(text)
補足：open関数ではデフォルトで読み込み時に改行の自動変換（\r\n → \n）が発生します。
自動変換を回避するには、ファイルを開く際に行の区切りとして newline='\n' を指定する必要があります。
以上です。