RFC 3823 - MIME Media Type for the Systems Biology Markup Language (SBML) 日本語訳

原文URL : https://datatracker.ietf.org/doc/html/rfc3823
タイトル : RFC 3823 - システム生物学マークアップ言語（SBML）のMIMEメディアタイプ
翻訳編集 : 自動生成

[要約] RFC 3823は、システム生物学マークアップ言語（SBML）のためのMIMEメディアタイプを定義しています。このRFCの目的は、SBMLデータを効果的に交換するための標準化と相互運用性の向上です。

Network Working Group                                          B. Kovitz
Request for Comments: 3823                                       Caltech
Category: Informational                                        June 2004

MIME Media Type for the Systems Biology Markup Language (SBML)

システム生物学マークアップ言語（SBML）のMIMEメディアタイプ

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このメモは、インターネットコミュニティに情報を提供します。いかなる種類のインターネット標準を指定しません。このメモの配布は無制限です。

著作権表示

著作権（c）The Internet Society（2004）。

Abstract

概要

This document registers the MIME sub-type application/sbml+xml, a media type for SBML, the Systems Biology Markup Language. SBML is defined by The SBML Team at the California Institute of Technology and interested members of the systems biology community.

このドキュメントは、SBMLのメディアタイプであるMIMEサブタイプアプリケーション/SBML XML、システム生物学マークアップ言語を登録します。SBMLは、カリフォルニア工科大学のSBMLチームとSystems Biology Communityの関心のあるメンバーによって定義されています。

1. Introduction

1. はじめに

SBML is an XML format for representing and exchanging models of biochemical reaction networks used in systems biology. SBML:

SBMLは、システム生物学で使用される生化学反応ネットワークのモデルを表現および交換するためのXML形式です。SBML：

o enables researchers in systems biology to use multiple tools, such as simulators, editors, differential-equation solvers, and visualizers, on a single model without rewriting the model for each tool;

o システム生物学の研究者は、各ツールのモデルを書き換えることなく、単一のモデルで、シミュレータ、編集者、微分方程式ソルバー、ビジュアライザーなどの複数のツールを使用できるようにします。

o enables researchers and publishers to make models available on-line to other researchers even if they use a different software environment;

o 研究者と出版社は、別のソフトウェア環境を使用しても、他の研究者にモデルをオンラインで利用できるようにすることができます。

o enables models, and the intellectual effort put into them, to survive beyond the lifetime of the software tools used to create them.

o モデルと、それらに入れられた知的努力が、それらを作成するために使用されるソフトウェアツールの生涯を超えて生き残ることを可能にします。

Currently, about 60 software applications use SBML, and researchers are using these applications to develop quantitative and qualitative computational models, mostly in cell biology. In addition, several consortia and alliances have standardized SBML as their model definition language. The SBML community hopes that a standardized MIME media type will help researchers share models on a larger scale, drawing more heavily on the capabilities of the world-wide web.

現在、約60のソフトウェアアプリケーションがSBMLを使用しており、研究者はこれらのアプリケーションを使用して、主に細胞生物学の定量的および定性的計算モデルを開発しています。さらに、いくつかのコンソーシアムとアライアンスは、モデル定義言語としてSBMLを標準化しています。SBMLコミュニティは、標準化されたMIMEメディアタイプが、研究者が大規模にモデルを共有し、世界的なWebの機能をより強く引き出すのに役立つことを望んでいます。

A detailed exposition of SBML and its uses within the systems biology community is available in references [HUCKA2003], [FINNEY2003], and [HUCKA2004].

SBMLの詳細な説明とSystems Biology Community内での使用は、参考文献[Hucka2003]、[Finney2003]、および[Hucka2004]で利用できます。

2. IANA Registration

2. IANA登録

This section registers application/sbml+xml as a MIME media type according to the parameters set forth in [RFC2048].

このセクションでは、[RFC2048]に記載されているパラメーターに従って、MIMEメディアタイプとしてアプリケーション/SBML XMLを登録します。

MIME media type name: application

MIMEメディアタイプ名：アプリケーション

MIME subtype name: sbml+xml

MIMEサブタイプ名：SBML XML

Required parameters: none.

必要なパラメーター：なし。

Optional parameters: none.

オプションのパラメーター：なし。

There is no charset parameter. Character handling has identical semantics to the case where the charset parameter of the "application/xml" media type is omitted, as described in section 3.2 of [RFC3023]. Note that SBML level 2 is defined to have UTF-8 encoding [SBML2-1, section 4.1].

charsetパラメーターはありません。文字処理には、[RFC3023]のセクション3.2で説明されているように、「アプリケーション/xml」メディアタイプのcharsetパラメーターが省略されている場合と同じセマンティクスがあります。SBMLレベル2は、UTF-8エンコード[SBML2-1、セクション4.1]を持つように定義されていることに注意してください。

Encoding considerations:

考慮事項のエンコード：

Same as described in section 3.2 of [RFC3023].

[RFC3023]のセクション3.2で説明されているのと同じ。

Security considerations:

セキュリティ上の考慮事項：

The security considerations described in section 7 of [RFC3470] all potentially apply to sbml+xml documents. In particular, sbml+xml documents might contain the results of proprietary biological research that their owner may wish to keep private.

[RFC3470]のセクション7で説明されているセキュリティ上の考慮事項はすべて、SBML XMLドキュメントに潜在的に適用されます。特に、SBML XMLドキュメントには、所有者がプライベートになりたいと考えている独自の生物学的研究の結果が含まれる場合があります。

The XML schema for sbml+xml provides for no active or executable content.

SBML XMLのXMLスキーマは、アクティブまたは実行可能なコンテンツを提供しません。

Interoperability considerations:

相互運用性の考慮事項：

The information in an sbml+xml document describes an abstract model of biochemical reactions. It is not tied to any particular software application, and indeed the primary purpose of SBML is to make these models readable and writable by many different software applications.

SBML XMLドキュメントの情報は、生化学反応の抽象モデルを説明しています。特定のソフトウェアアプリケーションに関連するものではありません。実際、SBMLの主な目的は、これらのモデルを多くの異なるソフトウェアアプリケーションで読みやすく書くことができることです。

This might seem to make sbml+xml more appropriate for the "Model" primary content type [RFC2077], but SBML models are not guaranteed to have the required three orthogonal dimensions. SBML models, rather, involve interacting entities that exist within compartments. However, ideally, browsers and other software that reads sbml+xml would give a human reader multiple choices of how to view the document: in a data-visualization tool, in a model editor, in a differential-equation analyzer, etc.

これにより、SBML XMLが「モデル」プライマリコンテンツタイプ[RFC2077]により適しているように見えるかもしれませんが、SBMLモデルには必要な3つの直交寸法があることは保証されていません。むしろ、SBMLモデルには、コンパートメント内に存在する相互作用エンティティが含まれます。ただし、理想的には、SBML XMLを読み取るブラウザーやその他のソフトウェアは、ドキュメントの表示方法の複数の選択肢を人間に提供することで、データビジュアル化ツール、モデルエディター、差動方程式アナライザーなど。

The systems biology community has and will continue to release new levels and versions of the SBML schema and semantics. New versions attempt to be backward compatible with old versions, but sometimes small incompatibilities are introduced. Every sbml+xml document contains its level and version; programs that read sbml+xml should read this information to be sure they correctly interpret the remainder of the document.

Systems Biology Communityは、SBMLスキーマとセマンティクスの新しいレベルとバージョンをリリースし続けています。新しいバージョンは、古いバージョンとの逆方向に互換性があることを試みますが、時には小さな非互換性が導入されることがあります。すべてのSBML XMLドキュメントには、そのレベルとバージョンが含まれています。SBML XMLを読み取るプログラムは、この情報を読んで、文書の残りの部分を正しく解釈することを確認する必要があります。

Published specification:

公開された仕様：

A list of all current SBML specifications and related documents is maintained at:

現在のすべてのSBML仕様および関連ドキュメントのリストは、次のように維持されます。

http://sbml.org/documents

Current specifications are:

現在の仕様は次のとおりです。

SBML level 2, version 1 http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.pdf

SBMLレベル2、バージョン1 http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.pdf

SBML level 1, version 2 http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.pdf

SBMLレベル1、バージョン2 http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.pdf

SBML level 1, version 1 http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.pdf

SBMLレベル1、バージョン1 http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.ps http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.pdf

All specifications are authored by and available in hardcopy form from The SBML Team (see below for mailing information).

すべての仕様は、SBMLチームからHardCopyフォームで作成され、利用可能です（郵送情報については以下を参照）。

Applications which use this media type:

このメディアタイプを使用するアプリケーション：

The following application and database projects read and/or write models in sbml+xml format. Currently, most do not encode or decode MIME-format messages. Hopefully the registration of sbml+xml will make it easier for these projects to connect through a broader infrastructure, such as the creation of repositories of models on the world-wide web.

以下のアプリケーションおよびデータベースプロジェクトは、SBML XML形式でモデルを読み取りおよび/または書き込みます。現在、ほとんどはMime-Formatメッセージをエンコードまたはデコードしていません。SBML XMLの登録により、これらのプロジェクトが世界的なWebでモデルのリポジトリの作成など、より広範なインフラストラクチャを通じて接続しやすくなることを願っています。

BALSA BASIS BioCharon biocyc2SBML BioGrid BioNetGen Bio Sketch Pad BioSpreadsheet BioUML BSTLab CADLIVE CellDesigner Cellerator Cellware COPASI Cytoscape DBsolve Dizzy E-CELL ecellJ ESS Gepasi Jarnac JDesigner JigCell JSIM JWS Karyote KEGG2SBML Kinsolver (planned) libSBML MathSBML MMT2 Modesto MOMA (planned) Monod NetBuilder PathArt PathScout PaVESy PathwayBuilder ProcessDB (planned) SBW SCIpath SigPath SigTran Simpathica SimWiz StochSim STOCKS Trelis Virtual Cell VLX Suite WinSCAMP

バルサベースバイオチャロンbiocyc2sbml biogrid bionetgenバイオスケッチパッドバイオスプレッドシートbiospreadsheet biospreadsheet biospreadsheet biospreadsheet bispreadsheet biospreadsheet bispreadsheet bispreadsheet l Mathsbml MMT2 Modesto Moma（計画）モノッドNetBuilder Pathart PathScout PavesyPathwayBuilder ProcessDB（計画）

A list of SBML-enabled applications, along with URLs for more information about them, is maintained at http://sbml.org.

SBML対応アプリケーションのリストと、それらの詳細については、http://sbml.orgに維持されています。

Additional information:

追加情報：

For further information, contact:

詳細については、お問い合わせください。

Michael Hucka mhucka@caltech.edu

Michael Hucka Mhucka@caltech.edu

Andrew Finney afinney@cds.caltech.edu

Andrew Finney Afinney@cds.caltech.edu

The SBML Team http://sbml.org sbml-team@caltech.edu Control and Dynamical Systems, MC 107-81 California Institute of Technology Pasadena, CA 91125 USA

SBMLチームhttp://sbml.org sbml-team@caltech.eduコントロールおよびダイナミカルシステム、MC 107-81カリフォルニア工科大学パサデナ、カリフォルニア州91125 USA

Intended usage: LIMITED USE

意図された使用法：使用されています

Author/Change Controller:

著者/変更コントローラー：

The SBML specification is a free, open, community effort organized and edited by The SBML Team. The SBML Team has change control over the specification.

SBML仕様は、SBMLチームが編成および編集した無料のオープンなコミュニティの取り組みです。SBMLチームは、仕様を変更しています。

The SBML Team and interested members of the systems biology community meet regularly at the "Workshops on Software Platforms for Systems Biology". Information about past and planned workshops is maintained at:

SBMLチームとSystems Biology Communityの関心のあるメンバーは、「Systems Biologyのソフトウェアプラットフォームに関するワークショップ」と定期的に会合します。過去および計画されたワークショップに関する情報は、次のように維持されます。

http://sbml.org/workshops

3. Security Considerations

3. セキュリティに関する考慮事項

Security considerations for sbml+xml are discussed in the "Security Considerations" heading in the IANA registration in section 2.

SBML XMLのセキュリティ上の考慮事項については、セクション2のIANA登録に向けて「セキュリティ上の考慮事項」で説明されています。

4. Contributors

4. 貢献者

The following people contributed to the content of this document: Michael Hucka (Caltech), Andrew Finney (University of Hertfordshire).

次の人々は、この文書の内容に貢献しました：マイケル・フッカ（カルテック）、アンドリュー・フィニー（ハートフォードシャー大学）。

5. References

5. 参考文献

5.1. Normative References

5.1. 引用文献

[SBML2-1] Finney, A. and Hucka, M., "Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2: Structures and Facilities for Model Definitions", June 28, 2003. Available from The SBML Team at: http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.pdf

[SBML2-1] Finney、A。and Hucka、M。、「Systems Biology Markup Language（SBML）レベル2：モデル定義の構造と施設」、2003年6月28日。SBMLチームから入手可能：http：//sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.pdf

[SBML1-2] Hucka, M., Finney, A., Sauro, H. and Bolouri, H., "Systems Biology Markup Language (SBML) Level 1: Structures and Facilities for Basic Model Definitions", August 28, 2003. Available from The SBML Team at: http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.pdf

[SBML1-2] Hucka、M.、Finney、A.、Sauro、H。and Bolouri、H。、「Systems Biology Markup Language（SBML）レベル1：基本モデル定義の構造と施設」、2003年8月28日。http://sbml.org/specifications/SBML-Level-1-V2.pdfのSBMLチームから入手できます

5.2. Informative References

5.2. 参考引用

[FINNEY2003] Finney, A. and Hucka, M., "Systems Biology Markup Language: Level 2 and Beyond", Biochemical Society Transactions 31:1472-1473, December, 2003.

[Finney2003] Finney、A。and Hucka、M。、「Systems Biology Markup言語：レベル2以降」、生化学協会トランザクション31：1472-1473、2003年12月。

[HUCKA2003] Hucka, M., Finney, A., Sauro, H.M., Bolouri, H., Doyle, J.C., Kitano, H., Arkin, A.P., Bornstein, B.J., Bray, D., Cornish-Bowden, A., Cuellar, A.A., Dronov, S., Gilles, E.D., Ginkel, M., Gor, V., Goryanin, I.I., Hedley, W.J., Hodgman, T.C., Hofmeyr, J.-H., Hunter, P.J., Juty, N.S., Kasberger, J.L., Kremling, A., Kummer, U., Le Novere, N., Loew, L.M., Lucio, D., Mendes, P., Minch, E., Mjolsness, E.D., Nakayama, Y., Nelson, M.R., Nielsen, P.F., Sakurada, T., Schaff, J.C., Shapiro, B.E., Shimizu, T.S., Spence, H.D., Stelling, J., Takahashi, K., Tomita, M., Wagner, J., Wang, J., "The Systems Biology Markup Language (SBML): a Medium for Representation and Exchange of Biochemical Network Models", Bioinformatics 19(4):524-531, 2003.

[Hucka2003] Hucka、M.、Finney、A.、Sauro、H.M.、Bolouri、H.、Doyle、J.C.、Kitano、H.、Arkin、A.P.、Bornstein、B.J.、Bray、D.、Cornish-Bowden、A。、Cuellar、A.A.、Dronov、S.、Gilles、E.D.、Ginkel、M.、Gor、V.、Goryanin、I.I.、Hedley、W.J.、Hodgman、T.C.、Hofmeyr、J.-H.、Hunter、P.J.、Juty、N.S.、Kasberger、J.L.、Kremling、A.、Kummer、U.、Le N.、Loew、L.M.、Lucio、D.、Mendes、P.、Minch、E.、Mjolsness、E.D.、Nakayama、Y.、ネルソン、M.R。、ニールセン、P.F。、サクラダ、T。、シャフ、J.C。、シャピロ、B.E。、島島、T.S。、J。、「システム生物学マークアップ言語（SBML）：生化学ネットワークモデルの表現と交換のための媒体」、Bioinformatics 19（4）：524-531、2003。

[HUCKA2004] Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B. J., Keating, S. M., Shapiro, B. E., Matthews, M., Kovitz, B. L., Schilstra, M. J., Funahashi, A., Doyle, J. C., and Kitano, H., "Evolving a Lingua Franca and Associated Software Infrastructure for Computational Systems Biology: The Systems Biology Markup Language (SBML) Project", Systems Biology, Vol. 1, 2004.

[Hucka2004] Hucka、M.、Finney、A.、Bornstein、B。J.、Keating、S。M.、Shapiro、B。E.、Matthews、M.、Kovitz、B。L.、Schilstra、M。J.、Funahashi、A.、Doyle、J。C.、Kitano、H.、「Lingua Francaおよび関連するソフトウェアインフラストラクチャの計算システム生物学：Systems Biology Markup Language（SBML）プロジェクト」、Systems Biology、vol。1、2004。

[RFC2048] Freed, N., Klensin, J. and J. Postel, "Multipurpose Internet Mail Extensions (MIME) Part Four: Registration Procedures", BCP 13, RFC 2048, November 1996.

[RFC2048] Freed、N.、Klensin、J。およびJ. Postel、「多目的インターネットメール拡張機能（MIME）パート4：登録手順」、BCP 13、RFC 2048、1996年11月。

[RFC2077] Nelson, S. and C. Parks, "The Model Primary Content Type for Multipurpose Internet Mail Extensions", RFC 2077, January 1997.

[RFC2077] Nelson、S。およびC. Parks、「多目的インターネットメールエクステンションのモデルプライマリコンテンツタイプ」、RFC 2077、1997年1月。

[RFC3023] Murata, M., St. Laurent, S. and D. Kohn, "XML Media Types", RFC 3023, January 2001.

[RFC3023] Murata、M.、St。Laurent、S。およびD. Kohn、「XML Media Types」、RFC 3023、2001年1月。

[RFC3470] Hollenbeck, S., Rose, M. and L. Masinter, "Guidelines for the Use of Extensible Markup Language (XML) within IETF Protocols", BCP 70, RFC 3470, January 2003.

[RFC3470] Hollenbeck、S.、Rose、M。and L. Masinter、「IETFプロトコル内の拡張マークアップ言語（XML）の使用に関するガイドライン」、BCP 70、RFC 3470、2003年1月。

6. Author's Address

6. 著者の連絡先

Ben Kovitz Control and Dynamical Systems, MC 107-81 California Institute of Technology Pasadena, CA 91125 USA

Ben Kovitz Control and Dynamical Systems、MC 107-81カリフォルニア工科大学パサデナ、カリフォルニア州91125 USA

   Phone: +1 626 395-6911
   EMail: bkovitz@caltech.edu

7. Full Copyright Statement

7. 完全な著作権声明

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Acknowledgement

謝辞

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